هیات عمومی دیوان عدالت اداری انتصاب میثم لطیفی به عنوان معاون رییس جمهور و رییس سازمان اداری و استخدامی کشور را غیر قانونی دانسته و رای به ابطال آن داده است .در بخشی از مفاد این رای اشاره شده که بر اساس ماده ۴۷ قانون مدیریت خدمات کشوری مصوب ۱۳۸۶/۷/۸ ،به کارگیری کارمندان شرکت‌ها و موسسات غیردولتی برای انجام تمام یا بخشی از وظایف و اختیارات پست‌های سازمانی دستگاه‌های اجرائی تحت هر عنوان ممنوع می‌باشد. و موسسه جامعه امام صادق (ع) براساس اساسنامه و همچنین بر مبنای اطلاعات مندرج در پایگاه اینترنتی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و... دارای ماهیت غیر دولتی و غیرانتفاعی است. با این حال به نظر می رسد دولت قصد تمکین نداشته و ضمن قانونی دانستن انتصاب لطیفی ،درخواست تجدیدنظر در رای صادره کرده است.